Записываю в Workflowy все-все мысли, затем группирую в структуру. За пару лет накопил там приличную базу знаний, хотя инструмент простой как кирпич. Там же откладываю статьи для чтения, через расширение Хрома. По выходным стараюсь пробежаться и навести порядок, поэтому ничего не теряется.

Раньше использовал майндмэпы — тоже хорошая тема, но с телефона неудобно и для слишком больших систем не годится.

Раньше пользовался Wunderlist но теперь стал работать командой удаленно, теперь перешел на Trello где управлять задачами стало проще.

https://ru.coursera.org/learn/system-thinking Отсюда сможешь найти книгу, автора, школу :-)
Для достижения беглости мышления требуется время, ибо много чего там конринтуитивного.

Молодец! Давно пора на курс Левенчука.